In de Tweede Fase is gekozen voor een "studielastbenadering": een VWO-leerling moet gedurende 3 jaar jaarlijks gemiddeld 1600 uur aan zijn studie besteden, gebaseerd op 40 weken van 40 werkuren. Dus in drie jaar totaal 4800 uur. De bovenbouw HAVO duurt twee jaar zodat een HAVO-leerling een totale studielast heeft van 3200 uur.

In de 2e fase kan een leerling niet meer geheel vrij kiezen:

Ruim 40 % van de totale studietijd wordt ingevuld door het voor iedere leerling verplichte "gemeenschappelijk deel".
35 á 40 % van de studietijd wordt ingenomen door de vakken in één van de vier "profielen" waaruit een leerling moet kiezen. Deze vier profielen zijn:

• cultuur en maatschappij
• economie en maatschappij
• natuur en gezondheid
• natuur en techniek

20% van de totale studietijd wordt tenslotte opgevuld door vakken uit het "vrije deel".  

De keuze van het profieldeel is afgestemd op het toekomstperspectief van de leerling.

In het vrije deel kan een leerling kiezen uit alle vakken die in de andere profielen dan het door de leerling gekozen profiel voorkomen.

Het Dr.-Knippenbergcollege kent een breed vakkenaanbod. Zo is het mogelijk naast de profielvakken te kiezen voor de vakken :

1. bewegen, sport en maatschappij 
2. management en organisatie
3. maatschappijwetenschappen
4. Spaans
5. informatica
6. klassieke culturele vorming
7. natuur, leven en technologie
8. onderzoeken en ontwerpen (technasium)

Doorstroming van VMBO-t naar HAVO en van HAVO naar VWO is mogelijk.
Leerlingen die van plan zijn om van 4 VMBO-t naar 4 HAVO, óf van 5 HAVO naar 5 VWO gaan, doen er wel verstandig aan tijdig bij de decaan te informeren naar de juiste keuze van vakken.

In de onderbouw worden de toetsen afgenomen volgens een voor het hele jaar opgesteld proefwerkrooster. In de bovenbouw werken we met toetsweken. Gedurende het schooljaar zijn er vier toetsweken vastgelegd. Gedurende een toetsweek maken de leerlingen toetsen voor vrijwel alle vakken.